Katedralen i Arequipa är en av de äldsta religiösa byggnader i staden. Den första kyrkan byggdes 1544 av arkitekten Peter Godinez under beskydd av biskopen av Cuzco, Don Fray Vicente de Velarde. 1583 en jordbävning förstörde templet. 1590 kyrkan renoverades, men inte för länge. År 1600, på grund av vulkanutbrottet Huaynaputina, kyrkan delvis förstördes igen. I början av sextonhundratalet, etablerade Paulus V stift Arequipa och i stället för den gamla kyrkan 1621-1656 byggdes katedralen. Efter en allvarlig brand 1844 byggandet av katedralen kunde återställa arkitekten Lucas Poblete och med stöd av biskop Jose Sebastian de Goyenesh och Barreda 1868.

I juni 2001, var staden Arequipa skadats av en jordbävning 8, 1 på Richterskalan. Ett torn i katedralen var helt förstörd, skeppet, valv och andra tornet skadades svårt. Ett år senare, i sin årsdag, katedralen helt ombyggd under ledning av Juan Manuel Guillen.

Domkyrkan är byggd av behandlat vulkanisk sten och tegel i nyrenässans med viss gotiska inflytande. Den viktigaste tempel i staden ligger på norra sidan av Plaza de Armas, den historiska stadskärnan i Arequipa. Dess fasad består av sjuttio kolonner med korintiska huvudstäder, tre dörrar och två stora sido valv.

Altaret i templet är gjord av Carraramarmor, arbete Felipe Maratillo. Unik ordförande i snidad ek gjorde den franske konstnären Rigo pärlor från Lille. I museet i katedralen lagrar värdefulla konstverk som produceras i Spanien av konstnären-juveleraren Francisco Maratillo, silver krona Elizabeth II och många andra artefakter som donerats av rådet av biskopar Goyeneshem och hans familj.