Ben Ezra synagogan arkitektur skiljer sig inte från standard arkitektur koptiska kyrkor. Detta hände eftersom byggnaden var ursprungligen en kyrka, men i slutet av X-talet. Kalifen Hakim stängde kyrkan. På senare tid byggnaden har löst den judiska gemenskapen, som på den tiden var en betydande del av det egyptiska samhället. Synagogan namngavs efter Rabbi Abraham ben Ezra Jerusalem.

Berömda synagoga som på artonhundratalet, under renoveringen, det upptäcktes en guldgruva av dokument med tusentals XI-XII-talet.
Nyligen restaurerade synagogan.