Church of San Sebastian ligger på en kulle, nära fiskmarknaden, i den norra delen av den gamla staden Lagos. Från denna plats erbjuder fantastisk panoramautsikt över bukten. Kyrkan anses vara en av de äldsta och vackraste kyrkor i staden.

Redan innan kyrkan byggdes på denna plats i 1325 var ett kapell av den obefläckade avlelsen av Jungfru Maria. 1463, har biskop João de Mello gjort det på denna plats en kyrka byggdes. 1490, genom beslut av kungen av Portugal, Don João II, vi återigen genomfört återuppbyggnadsarbete, och kyrkan byggdes ut. Efter det var kyrkan invigdes som kyrkan San Sebastian (Church of Saint Sebastian). Tyvärr, som har hänt med många historiska byggnader i Portugal, kyrkan nästan förstördes under jordbävningen i Lissabon 1755. Kyrkan restaurerades, och två år senare var kyrkan igen förstördes av en jordbävning som inträffade 1969. Med tiden var kyrkan återställd.

Inne i kyrkan av tre skepp separerade med doriska kolonner. Den ursprungliga huvud altaret i kyrkan går tillbaka till det sextonde århundradet. Altare består av fyra paneler. Det förväntas att dessa paneler skapat en av de mest kända konstnärerna i Algarve i XVI-talet Alvaro Dias. Kyrkan höll den gamla planen av staden. År 1828, har kyrkan ett torn med en klocka.

År 1924 har kyrkan San Sebastian varit listad som ett monument av nationell betydelse.