Kyrkan Santa Cruz byggdes av Jesuit munkar i 1608 som församlingskyrka för den kinesiska invandrare i Manila, av vilka många har antagit den kristna tron. När jesuiterna utvisades från Filippinerna, blev egenskapen av en Dominikanska munk kyrkan. Kyrkan var nästan dubbelt förstördes av en kraftig jordbävning och allvarligt skadade under det berömda slaget vid Manila i februari 1945, som markerade slutet på nästan tre år av japanska ockupationen av staden.

När år 1571 förklarades huvudstad Manila filippinska skärgården, har det förvandlats till att likna en medeltida europeisk stad med kyrkor, palats och rådhuset byggdes i samma stil som den spanska barocken. Den nuvarande byggnaden av kyrkan Santa Cruz, renoverat år 1957, återställd i sin ursprungliga form. Emellertid är det möjligt att se spår av tornet är typiskt för asiatisk arkitektur. Altaret i kyrkan vid första anblicken verkar lite underskattade, men hans ljusdesign perfekt.

Kyrkan Santa Cruz ligger på Plaza Lacson (tidigare Gojty Area), nära den berömda Fontana Karredo, byggd 1882 för att hedra "den största välgörare av Filippinernas Francisco Karredo som donerade 10 tusen pesos för byggandet av den första vattenförsörjningssystemet i Manila.