I japansk historia fanns en tid då härskarna gynnade spridningen av kristendomen och perioder då väcks från utlandet doktrin visat i onåd, och hans anhängare förföljdes. I XV och XVI århundraden, sprida kristendomen snabbt på öarna i skärgården, men i slutet av XVI-talet förbjöds, och människorna i Japan praktiserade det i hemlighet. Invånarna i Nagasaki var varje år tvingas att bevisa att de inte är kristna. För att göra detta erbjuds de att trotsa bilden av Jesus Kristus och Guds moder, och denna ritual, var de tvungna att passera fram till mitten av artonhundratalet. I allmänhet, var kristendomen förbjöds i Japan med så mycket som två och ett halvt sekel, under denna tid avrättades, torterades eller deporterade tusentals människor bekännande religion.

5 februari 1597 i Nagasaki var offentligt avrättade för missionsarbete av 26 personer, varav 20 var japanska, fyra spanjorer, liksom mexikanska och indiska. Genom beslut av den dåvarande regerande shogun greps Toyotomi Hideyoshi kristna torterades, sedan lägga i Nagasaki och blev korsfäst på korset restes på en kulle Nisidzaka. Efter genomförandet av offren blev martyrer som helgon läsa och känna igen dem olika fritidssysselsättningar. Hundra år efter helgonförklaringen 1962 på en kulle öppnade ett monument och museum. 6 februari Den katolska kyrkan i Japan firar sitt minne.

Museet innehåller viktiga historiska dokument hämtades från Europa och består i Japan, konstverk period tidiga kristendomen i Japan. Uppvisar kronologiskt bekanta besökare med perioden tidiga kristendomen, ibland förföljelse av kristna och livet hemliga katoliker under perioden av självisolering tillstånd.

För närvarande är kristendomen den tredje av de stora religionerna i Japan efter buddhismen och Shinto. I början av XXI århundradet, fanns det cirka 2, 5 miljoner kristna, främst katoliker.