Det första universitetet i Pécs uppstod 1367 som en av de äldsta i Centraleuropa kung Ludvig den store, hon gick under under den turkiska ockupationen. År 1921 förutvarande ungerska universitetet i Bratislava (det Bratislava, ungerska. Pozsony) flyttade till Pécs är Janus Pannonius rezultatom1982 University (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Det första universitetet grundades i Pécs av ​​Louis I av Ungern 1367. Efter att ha funnits som en enad utbildningscentrum för flera decennier, i mitten av 15-talet delades i två skolor - juridik och teologi. Under den turkiska ockupationen av universitetet stängdes och endast öppnas 1785, när Joseph II flyttade Kungliga Gyor, Pecs. År 1802, Royal Academy kom i Gyor på order av Francis mig, och institutioner för högre utbildning i Pec var inte förrän 1833, då biskopen av Pécs under överinseende av staden senaten grundades Pec Academy med fakulteterna för lag och filosofi.

  Modern University of Pécs grundades 1912 och ursprungligen beläget i Pozsony (nu Bratislava). Efter första världskriget Pozsony var aneksirovan från Ungern, och 1921 flyttade till universitetet i Pecs, där det återstår till denna dag. År 1951 har den medicinska fakulteten vid universitetet separerats, och fram till 2000 var en separat institution. År 1982 blev universitetet uppkallad efter Janus Pannonius. Denna University of Pécs bildades den 1 januari 2000 genom en sammanslagning av Janus Pannonius University, University of Medicine and Teachers College.