Kyrkan Maria Magdalena ligger i stadsdelen Södermalm. Historien om kyrkan går tillbaka till 1350-e år, när kung Magnus Eriksson med godkännande av Clemens VI byggde ett kapell och tillägnad den till Maria från Magdala. Det yttre utseendet av byggnaden av dessa år dåligt dokumenterad, och endast bevarad kopparstick visar kapellet som en liten byggnad med en stor torn, toppat med en spetsig spira.

I början av 1520-talet befriade Gustav Vasa i Stockholm, och hans trupper under ledning av Peder Fredagom läger i kapellet, men de led stora förluster när den danska armén för Christian II anföll dem från staden. Denna händelse kan ha varit en av de främsta anledningarna till Gustav Vasa förstöra alla kyrkor, kloster och kapell som omger staden, efter införandet av protestantismen i 1527, inklusive kapell Maria från Magdala. Men hans son, kung John III, började byggandet av en ny kyrka på platsen för kapellet 1588. Men hans död 1592 avbröt den pågående byggarbeten, och kyrkan förblev oavslutade fram 1634.

Arkitekter Nicodemus Tessin d.ä. och Tessin Jr tog över det fortsatta byggandet och byggde barockkyrkan. Den spira, som anses vara den vackraste i Stockholm, förstördes under en brand år 1759 som också förstörde 300 andra byggnader i området. Carl Johan Cronstedt fick i uppdrag att återställa kyrkan, och hans Projektet avslutades 1763. Det har behållit mycket av den ursprungliga designen. Restaurering av det inre av kyrkan Maria från Magdala hölls 1927, det samma år bildades den första kroppen, en andra tillsattes 1986.