Sjöhistoriska museet ligger i Minato Mirai, och är tillägnad den maritima historia i Japan. Den invigdes 1993. Den huvudsakliga utställningen av museet - utbildning segelbåt maritima Nippon Maru, som lanserades 1930 och är nu ligger vid foten av tornet Landmark Tower.

Museet äger den största rederiet NYK Line, vars historia går tillbaka till 1870-talet. Dess nuvarande flotta består av 776 fartyg med kontor öppnade i 27 länder runt om i världen, bland annat i Ryssland. Företaget är en del av Mitsubishi Group.

Museet berättar historien om Yokohama som en av hamnarna i Japan, som i XIX-talet var öppna för internationell handel. Man tror att öppnandet av Japan till resten av världen till stor del berodde Commander Matthew Perry, politik och officer av sjöstridskrafter i USA. Under 1852-1854 år har han framgångsrikt hållit två diplomatiska beskickningar, vilket resulterade i USA och Japan undertecknade konventionen av Kanagawa genom att lossa självisolering av uppgående solen. Expeditioner Perry var den fjärde och femte amerikanska försök att etablera handel och diplomatiska förbindelser. Perry hade fått order om att använda våld om Japan vägrar att förhandla. Hans skepp sköt i luften och släppte ut svart rök, så den japanska skvadronen smeknamnet "svart".

Museet berättar om hur den utvecklade världen och den japanska varvsindustrin sedan mitten artonhundratalet, av modern teknik inom industrin och betydelsen av hamnen i Yokohama. Här är en stor samling av modeller av moderna och vintage fartyg, en samling av böcker om varvsindustrin.

Segelbåt Nippon Maru - fyrmastade fartyget på 300 fot. Under årens lopp har gått, enligt beräkningar, 1, 8 miljoner. Kilometer och som skolfartyg för marin tjänst har förberett cirka 11, 5000 personer. Den lanserades i januari 1930. Efter andra världskriget användes för hemtransport av personer från de tidigare kolonierna i Japan. 1984 avslutade Nippon Maru service och låg förtöjd vid foten av tornet landmärke.