Universitetet i Zagreb är den äldsta inte bara i Kroatien, men också i sydöstra Europa. Den dag då den officiella stiftelse anses September 23, 1669, när den romerske kejsaren och den ungersk-kroatiska kungen Leopold I utfärdade en lag erkänner de privilegier och status för universitetets utbildningsinstitutioner i fd Jesuit Academy, som drivs på territoriet i en fri kunglig stad i Zagreb, den forna huvudstaden i Konungariket Kroatien och Slavonien. Detta datum är början av historien vid universitetet i Zagreb i deras kamp för att genomföra de rättigheter som tas emot och för att få en värdig plats bland de auktoritativa och företrädare för universitet och högskolor i Centraleuropa.

Historia av universitetet i Zagreb i sin moderna form börjar med dzhyakovskogo initiativet biskopen och framträdande beskyddare av den kroatiska Josip Juraj Strossmayer, när han 1861 föreslog att organisera universitetet fyra fakulteter: medicinska, teologiska, filosofiska och juridiska. Förslaget ansågs under flera år, och 1874 det kroatiska parlamentet antagit initiativet och utfärdade ett dekret "På universitetet." Samma år universitetet bytte namn och blev känd som den moderna universitetet i Zagreb.

Sedan 1990 har universitetet fått större självständighet, samtidigt började anslutningen till Bolognaprocessen.