Klostret grundades botten Maura Dias 1280 för nunnor klarissok. Klostret varade inte länge, och 1311 upphörde att existera. I 1316 hustru till kung Dinis I, drottning Isabella av Portugal, den återställda kloster.

Drottning Isabella av Portugal som också kallas "Holy Queen" på grund av sin exceptionella fromhet och rättfärdighet. Drottningen också känd för sin goda karaktär bygger sjukhus, barnhem och skolor. Efter makens död, kung Dinis, pensionerad hon till klostret. Och i 1336 drottningen dog och begravdes i klostret i graven, inrett i gotisk stil. År 1626, blev drottning Isabella helgonförklarades för sin välgörenhet och goda gärningar.

Den första arkitekt klostret var Domingos Domingues, känd för sitt arbete på gallerier i klostret Alcobaça. Han fortsatte arbetet i denna arkitekten Estevao Domingues, som var känd för sitt arbete med gallerier katedralen i Lissabon. 1330 invigningen av templet, och senare till den södra delen av kyrkan byggdes ett kloster. Klostret är mycket ofta presenteras kontant donationer och gåvor. I början av XVI-talet, var kyrkan dekorerad med Sevillian kakel och installerade nya altare.

Eftersom klostret och kyrkan byggdes på vänstra stranden av floden Mondego, sedan ett år senare byggnaden var översvämmade över stranden av floden vatten. Och i århundraden klostret svämmade många gånger. På grund av de ofta förekommande översvämningarna i klostret var det inte möjligt att vara, och kung John IV beordrade att lämna byggnaden och flytta till ett nytt kloster - klostret Santa Clara-a-Nova, byggd på en kulle inte långt från den gamla byggnaden. Graven med resterna av drottning Isabella och andra kungliga personer överfördes till den nya byggnaden.

Med tiden, det gamla klostret i ruiner. År 1910 byggnaden listades som ett monument av nationell betydelse, och vissa återuppbyggnadsarbeten utfördes under första hälften av nittonhundratalet.