I slutet av 19-talet, ökningen av antalet ortodoxa befolkningen krävde byggandet av en ny ortodox katedral. Befintliga vid tidpunkten för Transfiguration kyrkan blev litet för det växande antalet församlingsmedlemmar, och även dess plats var inte mycket bekvämt. Prince Sergey Shakhovskoy, som 1885 utsågs till guvernör i Estland, har inlett byggandet av en ortodox kyrka och fick tillstånd att samla in pengar för att förverkliga denna idé. Donationerna för byggande hit från hela Ryssland. Som ett resultat, September 15, 1899 samlades tillräckliga medel för byggandet av templet.

Cathedral bestämde sig för att ägna den heliga Prince Alexander Nevskij, efter den extraordinära räddning tsar Alexander III och hans familj under en fruktansvärd tågolycka som inträffade den 17 oktober, 1888. Mycket noga valde platsen för byggandet av framtidens kyrka. Av de åtta föreslagna alternativen stannade framför guvernörens palats i Vyshgorod. I augusti 1893 en högtidlig ceremoni på invigning av platsen för den framtida katedralen. Vid ceremonin var det kom till den mirakulösa ikon av Dormition av Guds moder, som levereras från Pühtitsa kloster.

Projektet producerade akademiker arkitektur av katedralen i Michail Kalasjnikov Transfiguration, en expert på kyrkobyggnader, en medlem av S: t Petersburg Academy of Arts .  Initialt omfattade projektet installation av en marmor ikonostas, men under byggtiden beslutades att ersätta på ett trä förgylld .  Ikoner skrevs i studion målningen akademiker Alexander Nikanorovich Novoskoltseva .  Enligt hans skisser Petersburg Mästare Emil Karlovich Shteinke gjorde glasmålningar som installerades i fönstren i huvudaltaret kapellet .  Bell produceras i S: t Petersburg i klockstapeln anläggningen köpmannen Vasilij Mikhailovich Orlov .  Ringmärkning av klockorna i katedralen är 11 .  Klockan kastade olika bilder och inskriptioner .  Resultatet var byggandet av templet trehprestoly gjorts på modellen av Moskvas kyrkor 17th century, kan rymma cirka 1500 personer .  Fasaden av katedralen dekorerad med mosaik, gjord av akademiker för arkitekturen A . H . Frolov . 

Ceremoni av invigningen av katedralen i namn av Alexander Nevskij hölls April 30, 1900, som genomfördes Agafangel hans nåd, biskop i Riga och Mitava. Ceremonin deltog även St. rättigheter. om. Johannes av Kronstadt.

I början av 20-talet, beslutades det att riva templet som "ett monument till ryska våld." Estland har även börjat att samla in medel för att genomföra detta beslut. Vid utgången av 1928 ett lagförslag infördes för att riva St Alexander Nevskij-katedralen. Temple lyckades försvara de krafter i det globala ortodoxa samfundet. Under andra världskriget, katedralen var stängd, och höjdes återigen frågan om dess rivning.

Under de 60 år denna katedral skulle omvandlas under planetariet. Från återuppbyggnaden, templet Alexander Nevskij lyckades rädda den unge biskop i Tallinn och Estland Alexy, framtiden patriarken av Moskva och hela Ryssland Alexy II. 1999, som ett tecken på särskilt skydd Tallinn Alexander Nevskij-katedralen fick status Stavropegic, vilket innebär att direkta underordning av kyrkan, patriarken av Moskva och hela Ryssland. Dessa aktionsdagarna och katedralen är öppen dagligen från 8 till 9 timmar.