En gammal legend berättar att år 1364 litauiska adelsman vid namn Goshtautas inbjuden till 14 franciskanska munkar och gav dem hem så att de kunde bosätta sig i landet. När Goshtautasa lämnade, alla munkar dödades. En tid senare, adelsmannen Bjud Franciscan munkar. Nya munkar han bosatte sig på ett annat ställe, och platsen för de mördade munkarna, byggde han en kyrka, uppkallat efter det heliga korset.

1524 kyrkan brann ner. 1635 på denna plats bosatte präster Bonifratrzy. De började sitt arbete med, byggde en ny kyrka av det heliga korset, som grundades nära klostret med samma namn och öppnade vid klostret sjukhuset. Senare vände sjukhuset till ett härbärge för de psykiskt sjuka. Goshtautasa katolska kyrkan tilldelades av klostret lokaler. Den psykiatriska sjukhus drivs här tills 1903, då det flyttades till den nya byggnad speciellt för psykiatriskt sjukhus.

År 1737 en kyrka brändes igen. År 1748 kyrkan renoverades, har interiören helt repareras, sex altaren byggdes och installerades Kost'ol'na avdelningen byggdes i barockstil. Bara dekorerade barock fasaden och byggandet av klostret. Även efter det att återställandet av byggnadens exteriör och det fanns inslag av rokoko. Inne i templet står majestätiskt över de rymliga rummen stenkorsvalv. Intressant kombination av arkitektoniska element av barock, rokoko och neo-rokoko.

I templet finns en källa, som anses mirakulösa. Legender säger att källan dök plötsligt nära statyn av den obefläckade avlelsen. Detta är den plats där munkarna torterades dräpta franciskaner. De säger att är särskilt gynnsam vatten av denna källa på patienter som lider av ögonsjukdomar.

I kyrkan finns också en mirakulös kors, som är monterad ovanför huvudaltaret. Nedanför korset är en bild av Jungfru Maria med barnet. Förmodligen, målade bilden i 17-talet, men säkert ursprunget till målning är okänd. Det är också rankad bland de mirakulösa skapelser. En kopia av den mirakulösa målning av Jungfru Maria med barnet, i form av fresker kan ses på de viktigaste fasaden av kyrkan. Det är under en välvd pediment, byggd 1737 mellan de två sidotornen i kyrkan.

Mellan 1914 och 1924 i kyrkan höll en särskild service för studenter i litauiska skolor. I en tid då Vilnius var ockuperat av Polen, inte genomfördes i tempeltjänst i den litauiska yazyke.V Bonifratr 1843 Order avskaffades, och i stället för klostret återstod bara deras representation. År 1909 kyrkan åter repareras. I slutet av första världskriget, 1924 bjöd biskop Jurgis Matulaitis Bonifratr att återvända till klostret av det heliga korset. Retur av munkarna i klostret var mycket lägligt. De reparerade kyrkan, uppföra sex altare där. De iscensatte också i klostret ett härbärge för äldre och soppkök för de behövande "Caritas".

I början av andra världskriget, var bröderna från Vilna dras Bonifratrzy Order. År 1947 klostret skyddad av systrarna i församlingen "den obefläckade avlelsen av Jungfru Maria." De är dock domineras av kortlivade. Sovjetiska myndigheterna stängde 1949 och klostret och kyrkan. Byggnaderna i klostret var belägna bostadslägenheter.

År 1976 var templet restaurerats och arrangeras i den Vilnius Philharmonic Concert Hall, den så kallade "Small Hall of barock." Det fanns konserter med orgelmusik.

Vilnius ärkestiftet kom tillbaka till sina hus först efter regimskiftet 1990. Templet och klosterbyggnader återställdes och överfördes till de nya helgade nunnorna i församlingen Sisters "obefläckade avlelsen av Jungfru Maria."